Tivemos um problema, em ambiente interno de testes, com os webservices da Nota Fiscal Eletrônica do estado de São Paulo. O sistema estava sendo migrado de sistema operacional HP-UX (com Java distribuído pela HP) para um novo servidor com Red Hat Enterprise Linux (com Java da Sun Oracle).

Ao acessar os webservices a aplicação congelava ou dava erros de "read timed out". O primeiro passo foi verificar se o servidor estava acessando a internet normalmente. Através do elinks era possível acessar sites via http e https normalmente. O webservice retornava corretamente o erro de falta de certificado cliente.
Depois tentei fazer conexões pela aplicação adicionando "?WSDL" às URLs. Nem o ambiente de homologação nem o de produção da NF-e funcionavam. Outros endereços http funcionavam normalmente pela aplicação. Pra debugar o problema, adicionamos a opção -Djavax.net.debug=all. A requisição era enviada mas não vinha a resposta.
Resolvi fazer o teste com os webservices de contingência do SCAN e funcionou. Analisando os logs da conexão, resolvi procurar sobre o termo no_renegotiation que estava aparecendo quando acontecia o erro.
Esta página esclareceu o problema, que foi causado devido a uma alteração no Java para prevenir uma vulnerabilidade do protocolo TLS. Adicionamos as opções -Dsun.security.ssl.allowUnsafeRenegotiation=true e sun.security.ssl.allowLegacyHelloMessages=true até que o ambiente de SP seja atualizado.